В Фотошопе: Выделите в панели Layers слои которые хотите выровнять. Загрузите выделение того слоя относительно которого вы хотите выравнивать. Для этого кликните на иконке слоя, удерживая клавишу Ctrl/Cmd. В меню Layer команда Align волшебным образом преобразится в Align To Selection.
или
Связываете нужные слои (цепью), выделяете слой, относительно которого нужно выравнивание, а дальше Align.